Het bestuur van de stichting bestaat momenteel uit twee personen:

Robbert Dijkgraaf is algemeen bestuurslid. Daarnaast is hij natuurkundige, universiteitshoogleraar aan de Universiteit van Amsterdam en president van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen.

Arno Verweij is voorzitter. Hij werkt nieuwe proefjes uit, schrijft achtergrondteksten, geeft workshops aan leerkrachten of studenten en beantwoordt vragen van kinderen.

Anderen die betrokken zijn geweest bij Stichting Proefjes:

José van Gelderen is mede-oprichter en voormalig penningmeester. Zij werkte verschillende proefjes en themalessen uit.

Tijn Snoodijk is mede-oprichter en voormalig algemeen bestuurslid. Hij is tevens de tekenaar van de blauwe monsters en grafisch ontwerper van de website proefjes.nl.

Marijn van Wingerden is voormalig penningmeester.

Fleur Zeldenrust is mede-oprichter en voormalig secretaris. Zij werkte verschillende proefjes en themalessen uit.